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RNA-seq解析の特徴

​マッピングングから正規化、発現解析、GeneOntology解析、pathway解析まで自動で処理

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  • RNA-seq　Fastqファイルをアップロードし解析可能

  • 比較組み合わせ解析可能

  • サンプルごとのリード数、QC通過リード数、重複リード%などの情報表示

  • Fastqファイル、BAMファイルのダウンロード

  • 正規化された発現データリスト、遺伝子発現リストの表示

  • 有意差検定、階層型クラスタ解析

  • MDSplot、Genome領域ごとのリード配分率表示

  • GeneOntoloty解析、パスウエイ解析

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​簡易利用説明書
DNAストランド

RNA-seq対応生物種​

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Homo sapiens 
Mus musculus 
Rattus norvegicus 
Danio rerio 
Drosophila melanogaster 
Caenorhabditis elegans 
Saccharomyces cerevisiae 
Canis familiaris 
Arabidopsis thaliana 

Cip-seq解析の特徴

​ピーク検定、モチーフ検索までグラフィカルに解析結果参照

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  • Chip-seq　Fastqファイルをアップロードし解析可能

  • 抗体情報登録、ピークサイズ登録

  • コントロール選択

  • Fastqファイル、BAMファイル、Wigファイルのダウンロード

  • ピーク有意性検定、ベン図による見やすい表示

  • ​モチーフの画像とリスト

  • 染色体、ピーク表示、遺伝子コード領域を見やすく表示

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​簡易利用説明書
DNA

Chip-seq対応生物種​

​

Homo sapiens 
Mus musculus 
Rattus norvegicus 
Taeniopygia guttata 
Danio rerio 
Drosophila melanogaster 
Caenorhabditis elegans 
Saccharomyces cerevisiae 
Arabidopsis thaliana 

Small RNA 解析の特徴

  • イルミナ社のSmall RNAライブラリキットに対応

  • Fastqファイルをアップロードし解析可能

  • Small RNAの種類別の表示可能

  • ​現在は　Humanにのみ対応

NanoString nCounter データ解析の特徴

ｎCounterの各種パネルに対応

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  • NanoString社のnCounterを利用し、nSolverから出力されたデータの解析を実施

  • 解析データはRNA-Seqデータと同様に比較解析、等実施可能

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ビデオによる使い方紹介

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